Кунай – самое часто используемое оружие в мире шиноби наряду с сюрикенами. Кунай предназначен для колющих и режущих атак. Он быстро летает из-за хороших аэродинамических свойств. Кунай часто используют в сочетании с взрывными печатями. Как правильно, такие кунаи кидают не прямо в цель, а рядом с ней, после чего взрыв уничтожает цель. Такие кунаи называют "взрывные кунаи". Кунаи часто держат под рукавом или же в сумке для оружия. Пропитанные чакрой пользователя, кунаи летают еще быстрее, и пробивают еще более прочные цели, например дерево или камень.

Сюрикен – японское метательное оружие скрытого ношения. Наряду с кунаями, это одно из самых часто используемых орудий шиноби. Сюрикены бывают разных размеров от маленьких до больших. Они используются как для нанесения урона врагу, так и для его отвлечения. Сюрикены могут быть опасными и из-за своей точности. Более того, форма сюрикена очень аэродинамична, из-за чего и производится точный бросок. Шиноби, мастерски владеющие ими, используют сюрикены сразу в большом количестве, а также манипулируют ими при помощи нити. Основной вид сюрикенов – четырех-угольная звезда из темного цвета металла. В центре неё находится отверстие, за которое пользователь берет оружие.

Сенбон – тонкая длинная метательная игла. Сенбоны используются в мире шиноби довольно часто. В основном, для создания ловушки, или же для воздействия на акупунктурные точки. Например, при метком попадании иглы, можно парализовать противника, воздействуя на его нервную систему. От сенбонов довольно трудно увернуться, и заметно труднее, чем от куная. Тсучи Кин, для достижения большей эффективности попадания в цель, вешала на одном сенбоне колокольчик. Таким образом, цель пыталась увернуться только от сенбона с колокольчиком, игнорируя бесшумные обычные сенбоны. Хаку часто использовал сенбоны, а иногда создавал сенбоны изо льда, используя свой Кеккей Генкай. Стоит отметить, что кукловоды также часто используют сенбоны, встраивая их в своих марионеток.

С помощью свитков можно призвать предметы, вещества и даже живых существ. Заключать контракты с призывными животными, запечатывать живых существ в свитки, записывать на свитках и хранить информацию. Свитки бывают абсолютно разных размеров.

На этом оружии чаще всего изображено канджи "взрыв". Если задать с помощью чакры условия, печати будут взрываться после определенного количества времени, удаленно, или после того, как зажигается огонь. Также, печати могут быть прикреплены к поверхности или обернуты вокруг оружия и брошены в оппонента. Любые печати работают даже в условиях сильного дождя. Ниндзя может сбить с толку своих врагов, закрепив или бросив фальшивую печать. Кроме того, можно взрывать печати последовательно и, тем самым, заманить противника в ловушку. Чтобы привести печать в действие удалённо, необходимо сложить ручную печать Змея. Активация взрывной печати относится к стандартным теникам. На зарядку чакрой  и непосредственную активацию печати затрачивается по пять баллов силы и чакры на 1 печать.

Тросы используются шиноби, для того что бы или связать противника или перехитрить, установив ловушку. Так же с их помощью можно использовать техники. Например, в сочетании с Катон: Рьюка но Дзюцу они очень эффективны. Пламя может продвигаться по тросу и не в состоянии промахнуться, при условии? если цель находится в связи с тросами.

Рация - переносное приёмопередающее устройство, которое используются различными шиноби для общения с товарищами на миссиях.

Оружие, которое обработано специальным веществом. Это оружие, пользователь обычно носит во рту и выбрасывает в случае необходимости. С помощью него, пользователь может поджечь легковоспламеняющиеся вещества, благодаря чему ниндзя может легко сбежать.

Это небольшое взрывное устройство, после бросания которого создается дымовое облако. Это оружие относится к стандартному вооружению шиноби. Оно может использоваться как для отвлечения внимания, так и для скрытного нападения.

Шиноби использует зеркало для того чтобы разглядеть максимум углов чтобы гарантировать безопасность дороги.

При помощи напильника, шиноби пилят цепи и выбираются из различных ловушек.

Микибиши представляют собой "ежики", которые могут переноситься в сумке на поясе вместе сюрикенами и кунаями. Они бросаются, как сюрикен и используются против пехоты и конницы.

Самое известное из применяемых препаратов - Пилюли силы. Они используются практически всеми шиноби. Способ их воздействия на организм: Вероятно, они действуют в качестве допинга без основного побочного эффекта, восстанавливают энергию и силу шиноби на короткий срок. Прибавляют по 10 баллов силы и чакры за приём 1 пилюли. Ниндзя разрешено носить с собой и применять в одни игровые сутки не более 3 пилюль.

Яд - одно из главных оружий кукловодов, а так же шиноби-охотников. Обычно им смазывают кончики сенбонов - кукловоды используют их для лезвий их кукол. Упоминается, что Сасори так часто и обильно использовал яд, что смазывал им даже железный песок Сандайме Казекаге. Существуют так же бомбы фиолетового газа, которые применяются многими шиноби. Они отравляют дыхательные пути, приводя к удушью. Отнимает по 5 баллов жизни за 1 пост, до тех пор, пока персонаж не воспользуется противоядием. Ниндзя может носить с собой не более 3 ядовитых бомб.